Né à Munich, Thomas Huber a fait ses études théâtrales à la Folkwangschule de Essen-Werden. De 1989 à 1993, il fait partie de la troupe du Théâtre national de Mannheim, puis il rejoint le Schauspielhaus de Dusseldorf. De 2005 à 2009, il est membre de la troupe du Schauspiel de Leipzig et de 2009 à 2016 de la troupe du Schauspiel de Francfort, puis de celle du Residenztheater de Munich. Il a travaillé entre autres avec les metteurs en scène Karin Beier, David Bösch, Mateja Koležnik, Tina Lanik, Hans Neuenfels, Amélie Niermeyer, Oliver Reese et Michael Thalheimer.