Tobias Kratzer a étudié l’histoire de l’art et la philosophie à Munich et à Berne, ainsi que la mise en scène d’opéra à l’Académie théâtrale August-Everding de Munich. Il remporte le Ring Award 2008 du Concours international de mise en scène de Graz, et le Prix Faust du théâtre allemand pour sa mise en scène du Crépuscule des dieux (Wagner) à l’Opéra de Karlsruhe, où il a également signé Le Prophète (Meyerbeer) et Les Maîtres Chanteurs de Nuremberg (Wagner). En 2018, il est désigné metteur en scène lyrique de l’année par la revue Die deutsche Bühne ; en 2020, sa mise en scène de Tannhäuser à Bayreuth est nommée « Production de l’année » par le magazine Opernwelt qui le désigne aussi « Metteur en scène de l’année » pour ce Tannhäuser, pour Fidelio à Covent Garden et Guillaume Tell à l’Opéra de Lyon.
Plus récemment il met en scène Faust (Gounod) à l’Opéra de Paris, Lucio Silla (Mozart) à la Monnaie de Bruxelles, Les Contes d’Hoffmann (Offenbach) à l’Opéra d’Amsterdam, Le Nain (Zemlinsky) au Deutsche Oper de Berlin, L’Africaine et Vasco de Gama (Meyerbeer) ainsi que La Force du destin (Verdi) à l’Opéra de Francfort.
En 2022, il met en scène Le Triptyque de Puccini à la Monnaie de Bruxelles et Liebesgesang, création mondiale de l’œuvre de Georg Friedrich Haas à l’Opéra de Berne. Il vient d’être nommé directeur du Staatsoper de Hambourg où il prendra ses fonctions en 2025.