Après une formation littéraire et musicale, Jean-Yves Ruf rejoint l’École nationale supérieure du Théâtre national de Strasbourg dans la section jeu, puis l’Unité nomade de formation à la mise en scène, qui lui permet notamment de travailler avec Krystian Lupa à Cracovie ainsi qu’avec Claude Régy.
Il est à la fois comédien, metteur en scène et pédagogue. Dans ce dernier domaine, il intervient au sein de plusieurs écoles supérieures de théâtre – CNSAD Paris, École supérieure d’art dramatique du Théâtre national de Strasbourg, École supérieure de théâtre Bordeaux Aquitaine, La Manufacture (Lausanne) et Westerdals Oslo School of Arts.
De janvier 2007 à décembre 2010, il a dirigé La Manufacture ; depuis 2011, il travaille comme programmateur et conseiller pédagogique avec les Chantiers Nomades, structure de recherche et formation continue. Parmi ses mises en scène récentes, on peut noter La Vie est un rêve (Calderon) au Théâtre du Peuple de Bussang, La finta pazza (Sacrati) à l’Opéra de Dijon et l’Opéra Royal de Versailles, Les vêpres de la vierge bienheureuse d’Antonio Tarantino (Théâtre du Rond-Point).
En tant que comédien, il a travaillé avec Jean-Louis Martinelli, Éric Vigner, Jean-Claude Berutti, Emilie Charriot et Simon Delétang. Il tourne actuellement un solo de Blaise Cendrars, J’ai saigné.